Khi chiến tranh với Nhật Bản bùng nổ, ông từng giữ vai trò quyền huyện trưởng huyện An Quốc trong một thờigian ngắn. Trong Kháng chiến chống Nhật, An Quốc trở thành vùng giải phóng của Đảng Cộng sản Trung Quốc, ông thường xuyên có những cuộc tiếp xúc với lãnh đạo của Trung Cộng tại khu giải phóng là Lữ Chính Thao (吕正操), người về sau trở thành một trong những Thượng tướng Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc. Trong các cuộc trao đổi, ông thường xuyên biểu lộ quan điểm không tán thành đường lối cách mạng bạo lực của phe Cộng sản. Năm 1943, ông bị quân Nhật bắt và bị đưa đi giam cầm trong trại tập trung ở Duy huyện (Sơn Đông) cùng với nhiều giáo sĩ khác cho đến tận tháng 8 năm 1945.[2]

Sau chiến tranh chống Nhật, ông vẫn tiếp tục truyền giáo ở Hoa Bắc. Tháng 7 năm 1946, dưới sự hỗ trợ của Sứ thần Tòa Thánh tại Trung Quốc, Tổng giám mục Antonio Riberi, ông đã thành lập tổ chức vũ trang "Công giáo Thanh niên Báo quốc Đoàn" (còn gọi là Dân chúng Tự vệ Đoàn hay Dân chúng Kiến quốc Hiệp tiến Hội) ở Bắc Bình để tham gia vào cuộc nội chiến Quốc - Cộng. Ông tự mình đảm nhiệm vị trí Tổng chỉ huy, Diêu Quang Viễn và Nhậm Bội Trạch làm Phó chỉ huy, Điêu Hóa Nhân làm Bí thư trưởng. Hai phân đoàn đầu tiên được thành lập ở Sơn Đông và Chahar, sau đó các phân đoàn Hà Bắc, Tuy Viễn và Sơn Tây được thành lập. Mỗi phân đoàn có chỉ huy, tuyên úy và bí thư riêng, dưới là các đội công tác. Ngoài ra, ông còn cho thành lập 11 trạm tình báo ở Thạch Gia Trang, Bảo Định, Trác huyện, Thiên Tân, Bạc Đầu, Thông huyện, Lô Đài, Thúc Lộc, Tuyên Hóa, Đường Sơn và Thái Nguyên.

Các tổ chức vũ trang Công giáo do de Jaegher thành lập hoạt động tích cực cùng với Quốc dân Đảng chống lại Cộng sản Đảng. Tuy nhiên, cuối năm 1948, phe Cộng sản kiểm soát được Hà Bắc, lực lượng Báo quốc Đoàn Công giáo tan rã, nhiều thành viên lãnh đạo rút về Bắc Kinh trước khi đào vong qua Đài Loan.